PCR反應(yīng)特異性強(qiáng)：PCR反應(yīng)的特異性決定因素為：①引物與模板DNA特異正確的結(jié)合；②堿基配對(duì)原則；③Taq DNA聚合酶合成反應(yīng)的忠實(shí)性；④靶基因的特異性與保守性。

其中引物與模板的正確結(jié)合是關(guān)鍵。引物與模板的結(jié)合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對(duì)原則的。聚合酶合成反應(yīng)的忠實(shí)性及TaqDNA聚合酶耐高溫性，使反應(yīng)中模板與引物的結(jié)合（復(fù)性）可以在較高的溫度下進(jìn)行，結(jié)合的特異性大大增加，被擴(kuò)增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過(guò)選擇特異性和保守性高的靶基因區(qū)，其特異性程度就更高。

差示PCR (differential PCR, d -PCR)技術(shù)

d-PCR可以定量檢測(cè)標(biāo)本靶基因的拷貝數(shù)。它是將目的基因和一個(gè)單拷貝的參照基因置于一個(gè)試管中進(jìn)行PCR擴(kuò)增。電泳分離后呈兩條區(qū)帶,比較兩條區(qū)帶的豐度，或在引物5°-端標(biāo)記上放1射性核素后.通過(guò)檢測(cè)兩條區(qū)帶放1射性強(qiáng)度即可測(cè)出目的基因的拷貝數(shù)。

定量PCR(quantitative PCR, qPCR)技術(shù)

qPCR技術(shù)是用合成的RNA作為內(nèi)標(biāo)來(lái)檢測(cè)PCR擴(kuò)增目的mRNA的量,涉及目的mRNA和內(nèi)標(biāo)用相同的引物共同擴(kuò)增.但擴(kuò)增出不同大小片段的產(chǎn)物.可容易地電泳分離。一種內(nèi)標(biāo)可用于定量多種不同目的mRNA。qPCR可用 于研究基因表達(dá)。能提供特定DNA基因表達(dá)水平的變化.在癌1癥、代謝紊亂及自身免1疫性疾病的診斷和分析中很有價(jià)值。

基因分型

PCR可用于檢測(cè)特定細(xì)胞或生物體中等位基因的序列差異。例如，基因敲除和敲入小鼠等生物的基因分型[3]。引物對(duì)經(jīng)設(shè)計(jì)位于目標(biāo)區(qū)域側(cè)翼，可根據(jù)是否存在擴(kuò)增子及擴(kuò)增子長(zhǎng)度來(lái)檢測(cè)遺傳變異。

但是如果為了檢測(cè)特定核苷酸突變，則必須對(duì)擴(kuò)增的序列進(jìn)行進(jìn)一步分析。例如， PCR擴(kuò)增子測(cè)序就是研究單核苷酸變異（SNVs）和單核苷酸多態(tài)性（SNP）的方法之一。強(qiáng)烈推薦使用高保真DNA聚合酶，以防止在PCR過(guò)程中引入多余的突變。

通過(guò)PCR進(jìn)行基因分型也是對(duì)癌1癥和遺傳病中的 突變進(jìn)行遺傳分析的一個(gè)基本方式。