PCR反應(yīng)特異性強：PCR反應(yīng)的特異性決定因素為：①引物與模板DNA特異正確的結(jié)合；②堿基配對原則；③Taq DNA聚合酶合成反應(yīng)的忠實性；④靶基因的特異性與保守性。

其中引物與模板的正確結(jié)合是關(guān)鍵。引物與模板的結(jié)合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對原則的。聚合酶合成反應(yīng)的忠實性及TaqDNA聚合酶耐高溫性，使反應(yīng)中模板與引物的結(jié)合（復(fù)性）可以在較高的溫度下進行，結(jié)合的特異性大大增加，被擴增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區(qū)，其特異性程度就更高。

PCR法不僅僅局限于分子生物學(xué)，還因其簡便、迅速等特點被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、法醫(yī)學(xué)、食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗、動植物檢驗等其它領(lǐng)域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。

1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反應(yīng)有時會出現(xiàn)錯配 (Misincorporation) 現(xiàn)象，因而PCR克1隆、變異導(dǎo)入等實驗中，需加以注意。

2. 擴增的DNA長度：使用Taq DNA Polymerase進行PCR擴增時，通?？蓴U增幾kb的DNA，超過10 kb則比較困難。這就給利用PCR進行Mapping等Genome解析帶來麻煩。

3. 擴增量：使用Taq DNA Polymerase進行PCR產(chǎn)物克1隆及食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗等時，擴增量常常達不到要求。為解決以上難題，Takara在對Polymerase、Buffer及反應(yīng)條件等進行深入研究的基礎(chǔ)上，開發(fā)了LA PCR (Long and Accurate PCR) 技術(shù)，運用此技術(shù)可大量正確地擴增長達40 kb 的DNA部分片段。LA PCR技術(shù)擴展了PCR的應(yīng)用范圍，可在Genome解析、基因診斷、長片段 DNA的克1隆及變異導(dǎo)入等方面發(fā)揮優(yōu)勢。

隨機引物擴增技術(shù)(arbitrary primedPCR, AP- PCR)

AP-PCR技術(shù)通過隨意設(shè)計或選擇一個非特異性引物.在PCR反應(yīng)體系中.首先在不嚴(yán)格條件下使引物與模板中許多序列通過錯配而復(fù)性。如果在兩條單鏈上相距一定距離有反向復(fù)性引物存在,則可經(jīng)Taq酶的作用使引物延伸而發(fā)生DNA部分片段的擴增。經(jīng)一至數(shù)輪不嚴(yán)格條件下的PCR循環(huán)后，再于嚴(yán)格條件下進行擴增。擴增的產(chǎn)物經(jīng)DNA測序凝膠電泳分離后.經(jīng)放1射性自顯影或熒光顯示即可得到DNA指紋圖。AP-PCR用于腫1瘤的抑制基因、癌基因的分離;菌1種、菌株及不同物種的鑒定;遺傳作圖;不同分化程度或某些不同狀態(tài)下的組織的基因表達差異等方面的研究。

PCR技術(shù)不僅可用于基礎(chǔ)研究，還適用于日常的臨床診斷、法醫(yī)學(xué)調(diào)查和農(nóng)業(yè)生物技術(shù)研究。這些應(yīng)用要求可靠的性能、及時的靈敏度和嚴(yán)格的標(biāo)準(zhǔn)。因此，所使用的PCR儀和PCR試劑必須符合這些要求和目的。

分子診斷應(yīng)用包括基因檢測、致癌突變檢測以及感1染性疾病檢測。在法醫(yī)學(xué)中，利用 PCR進行人類身份鑒定是通過對特別的短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）進行擴增而區(qū)分個體的。在農(nóng)業(yè)學(xué)中，PCR在食物病原體檢測、育種植物基因分型和 GMO測試中具有重要作用。