原料上的多樣性 生物燃料可以利用作物秸稈、林業(yè)加工剩余物、畜禽糞便、食品加工業(yè)的有機(jī)廢水廢渣、城市垃圾，還可利用低質(zhì)土地種植各種各樣的能源植物。產(chǎn)品上的多樣性; 能源產(chǎn)品有液態(tài)的生物乙醇和柴油，固態(tài)的原型和成型燃料，氣態(tài)的沼氣等多種能源產(chǎn)品。既可以替代石油、煤炭，也可以供熱和發(fā)電。泰國能源部去年5月份開始實(shí)施一項(xiàng)到2012年使生物柴油產(chǎn)量達(dá)到255萬噸的計(jì)劃?？梢韵袷秃兔禾磕菢由a(chǎn)塑料、纖維等各種材料以及化工原料等物質(zhì)性的產(chǎn)品，形成龐大的生物化工生產(chǎn)體系。

生物燃料的作物被生物質(zhì)分解或者燒荒種地，導(dǎo)致需要數(shù)十年甚至數(shù)個(gè)世紀(jì)的生物燃料才能補(bǔ)償所排放的碳。為了制造及運(yùn)輸生物質(zhì)燃料會(huì)產(chǎn)生污染、二氧化碳排放及使用水資源、化肥。2007年11月發(fā)布的水資源評價(jià)成果顯示，按目前正常需要和不超采地下水，正常年份中國缺水近400億立方米。在地生產(chǎn)使用生質(zhì)燃料可以減少這些問題，但是就算在地生產(chǎn)，生質(zhì)燃料在環(huán)保上可能還是不值得，甚至有些研究顯示、一些已經(jīng)量產(chǎn)的生質(zhì)酒精在經(jīng)濟(jì)上都是不值得──例如制造玉米酒精所需要的能量會(huì)超過玉米酒精能提供的能量。

若生物質(zhì)的種植和管理過程中采用不可持續(xù)的農(nóng)業(yè)做法（如過度使用化肥可能造成土壤流失或板結(jié)），則可進(jìn)一步造成生物多樣性喪失?？捎糜谀茉瓷镔|(zhì)種植的土地面積是有限的，能源生物質(zhì)種植可能同現(xiàn)有的農(nóng)用土地構(gòu)成競爭。這些地區(qū)的國家多以農(nóng)業(yè)生產(chǎn)為主，而乙醇可以從一些高產(chǎn)的農(nóng)作物，例如甘蔗和玉米中提取。聯(lián)合國在《可持續(xù)能源：決策者框架》報(bào)告指出，生物燃料的生產(chǎn)會(huì)通過占用土地和其他所需資源，進(jìn)而影響糧食足量供給，而且那些生產(chǎn)生物燃料的農(nóng)作物往往需要土地、大量水資源和化學(xué)肥料。