高新技術企業(yè)認定的程序如下:

(一)企業(yè)自我評價及申請

企業(yè)登錄"高新技術企業(yè)認定管理工作網"，對照本辦法第十條規(guī)定條件，進行自我評價。認為符合認定條件的，企業(yè)可向認定機構提出認定申請。

(二)提交下列申請材料

1. 高新技術企業(yè)認定申請書;

2. 企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本、稅務登記證(復印件);

3. 知識產權證書(獨占許可合同)、生產批文，新產品或新技術證明(查新)材料、產品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料;

折疊領導層要重視研發(fā)部門的設置

包括人員的配備和設備的配備。財務部門對委托境外的外部研發(fā)投入和境內的外部研發(fā)支出分別設立賬戶核算。要重視研發(fā)部門與財務部門的溝通與協(xié)調。研發(fā)部門在制訂研究開發(fā)項目立項報告的基礎上與財務部門共同建立研發(fā)投入核算體系，建立研發(fā)人員的績效考核獎勵制度。研發(fā)部門與財務部門共同按月編制研究開發(fā)項目立項報告及企業(yè)研究開發(fā)項目情況表，以各個研發(fā)項目為單位分別進行測度并加總計算研發(fā)費用。

為扶持和鼓勵高新技術企業(yè)的發(fā)展，根據《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》(以下稱《企業(yè)所得稅法》)、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》(以下稱《實施條例》)有關規(guī)定，制定本辦法。

健全內部控制制度

確保研究開發(fā)費用核算歸集的真實、準確。(三)裁決高新技術企業(yè)認定事項中的重大爭議，監(jiān)督、檢查各地區(qū)認定工作。企業(yè)應按月對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用進行歸集，并填寫企業(yè)年度研究開發(fā)費用結構明細表。對研究開發(fā)部門的各項費用建立輔助賬冊，進行單獨核算。具體來講應建立如下控制制度 。

所有研發(fā)活動的外包合同必須經過研究開發(fā)項目負責人簽署。企業(yè)應按月對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用進行歸集，并填寫企業(yè)年度研究開發(fā)費用結構明細表。財務部門依據經過簽署的研發(fā)活動外包合同和對方提供的有效付款憑證，以及表明經過研究開發(fā)項目負責人簽署的外包研發(fā)活動進展情況的驗收確認單據付款，會計人員核對合同和付款單據后記賬。研發(fā)機構對委托境外的外部研發(fā)投入和境內的外部研發(fā)支出在費用單據上進行標注，并經相關負責人審批。財務部門對委托境外的外部研發(fā)投入和境內的外部研發(fā)支出分別設立賬戶核算。所有的外包支付申請必須說明外包所屬的研究開發(fā)項目名稱、項目編號。財務部門依據研究開發(fā)項目名稱、項目編號將外包費用計入相應的研究開發(fā)項目。