使用食用菌出菇層架養(yǎng)殖食用菌時，發(fā)生軟腐病和銹斑病時的防治辦法基本相同，主要以防為主，生產中主要注意以下幾個環(huán)節(jié)：，要用抗病菌株，選用脫毒；第二，盡可能低溫出菇；第三，食用菌出菇層架加強通風，降低溫濕度；第四，不用老化、退化的；第五，發(fā)菌時勿使料溫過高使受熱；第六，嚴防人為傳播，尤其注意禁止串食用菌出菇層架棚；第七，保持環(huán)境潔凈無源。后，要注意觀察，發(fā)現(xiàn)病菇即時采掉，以防傳播；采下的病菇應深埋或燒掉，杜絕源；同時，噴灑溶液抑殺病菌，以控制該病的發(fā)展和傳播。

食用菌燒菌就是指在食用菌發(fā)菌全過程中因為菌袋內溫度過高，長時間超出35°C之上而導致的真菌壞掉現(xiàn)象。產生'燒菌'的菌袋主要表現(xiàn)為流惡水、爛掉散袋、絕產等特點，嚴重威脅食用菌生產制造。另外燒菌現(xiàn)象是蔬菜大棚食用菌生產制造中很令栽種戶的難題，會引起例如幼菇壞掉、出菇艱難乃至出不來菇等難題。許多菇農覺得燒菌現(xiàn)象的多發(fā)期多產生在平均氣溫較高的夏天，其實不是，假如管理方法不善，香菇網格圖架，冬天一樣會出現(xiàn)燒菌現(xiàn)象。

現(xiàn)在食用菌出菇層架種植食用菌都會采用食用菌出菇架，其可以方便的管理食用菌的生產，并可以有效利用空間，在垂直空間上養(yǎng)殖食用菌，增加食用菌的產量，食用菌的栽培環(huán)境，應當保持在24~27℃的溫度為適宜，低于5℃，食用菌出菇層架食用菌的生長速率就比較慢。干燥的環(huán)境下，菌絲體的定植不良，整體發(fā)育也會受限，因此要多多澆水噴水保濕，保持適度在40%~50%之間。