基本的益生元為碳水化合物，但定義并不排除被用作益生元的非碳水化合物物質：理論上來講，任何可以減少有害，而有益于促進健康的或活動的物質都可以叫作益生元。

一般認為益生元是給益生菌提供“食物”，益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。 [4]  益生元給益生菌提供“食物”，能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌生長繁殖。大家所熟悉的雙歧因子就是促進腸內雙歧生長的益生元。

益生菌通過增加腹瀉者腸道內有益菌的數(shù)量和活力抑制致病菌的生長，以恢復正常的菌群平衡，達到緩解腹瀉癥狀效果，對成人或小兒細菌腹瀉、菌痢、頑固性難治腹瀉有良好的預防和作用。

益生菌對和腹瀉兩難癥狀均有預防效果和一定。其實益生菌對它們的效果不僅是通過的平衡實現(xiàn)的，而且存在著益生菌對腸蠕動的雙向調節(jié)：時促進腸蠕動，加快糞便排出；腹瀉時消除刺激，減緩腸蠕動。

腸道細菌和的發(fā)病雖然沒有直接關系，但有害細菌在腸內占優(yōu)勢時，會產(chǎn)生大量的有害物質，為了幫助，的負擔會大大增加。因為產(chǎn)生胰島素的與有密切關系，的負擔加重也會對胰島素的分泌產(chǎn)生影響。

從病理學上來講，對付的一個策略是減少胃腸道對葡萄糖的吸收，益生菌可以通過減少胃腸道對葡萄糖的吸收來。益生菌棲息在胃腸道的壁上會積極消耗葡萄糖，那么在體內輸送的葡萄糖就會減少，血液里的葡萄糖也就減少，而被用來制造肝糖的葡萄糖也減少了，一段時間后，身體能夠轉化為葡萄糖的肝糖也減少了。

還有一個策略就是加速葡萄糖的代謝。當腸道中有大量益生菌存在時，它們對食物的消耗會遠遠超過身體對食物的利用，吃下的食物就很少會被真正吸收。這樣，身體攝入的葡萄糖少了，也達到了控制血糖的目的。