水資源短缺區(qū)域（如京津冀）水資源承載力往往處于透支狀態(tài)，需要從區(qū)域外調(diào)取水資源，和區(qū)域水資源共同支持區(qū)域內(nèi)的生活、生產(chǎn)和生態(tài)等用水部門的需求，因此，水資源短缺區(qū)域水資源配置問題是跨流域水資源配置和流域水資源配置的集成。為了對區(qū)域水資源進(jìn)行更的利用，在完成用水部門的初始水權(quán)配置后，需要進(jìn)行部門間的水資源優(yōu)化配置，以促使區(qū)域水資源向高用水效率部門流動?？紤]到水權(quán)交易機(jī)制不成熟所帶來的高交易成本、高風(fēng)險等問題，水資源優(yōu)化配置可以以用水部門間（主要為產(chǎn)業(yè)部門）水資源合作的方式進(jìn)行：用水部門通過組成水資源合作聯(lián)盟、分配聯(lián)盟用水收益，以獲取比其單獨(dú)利用水資源時更高的用水收益，并能夠?qū)崿F(xiàn)區(qū)域整體用水受益比各用水部門單獨(dú)利用水資源時更高的效果。然而，應(yīng)如何基于用水部門間水資源合作開展水資源短缺區(qū)域內(nèi)水資源優(yōu)化配置，才能使各用水部門獲得盡可能多的用水收益，才能使區(qū)域內(nèi)有限的水資源實(shí)現(xiàn)用水效益化，仍是一個亟待探討的議題。

可見水是司空見慣的，而虛擬水是指生產(chǎn)農(nóng)業(yè)和工業(yè)產(chǎn)品過程中所需要的水。由于這些產(chǎn)品可在不同地區(qū)甚至世界范圍內(nèi)交易，可以認(rèn)為這些產(chǎn)品中包含的虛擬水也進(jìn)行了交易。HOEKSTＲA 等提出了水足跡的概念，指出了“消費(fèi)品或消費(fèi)模式”與“水的使用和污染”之間的聯(lián)系?？梢娝ù髿馑⒌乇硭?、土壤水和地下水，并且具有周期性變化。人類社會利用降雨和轉(zhuǎn)移水來創(chuàng)造可循環(huán)的供水和用水關(guān)系。在此過程中，水資源被用于制造不同的商品。虛擬水的循環(huán)過程與產(chǎn)品的貿(mào)易、消費(fèi)有關(guān)，因此類似于可見水，虛擬水也可以進(jìn)行轉(zhuǎn)移和輸出。

區(qū)域水資源協(xié)調(diào)關(guān)于公平、效率和生態(tài) 3 個方面指標(biāo)的選取應(yīng)遵循以下原則: ①代表性原則，即指標(biāo)應(yīng)代表區(qū)域水資源的協(xié)況。②完整性原則，即指標(biāo)應(yīng)反映區(qū)域水資源在公平、效率和生態(tài)方面的狀態(tài)。③可量化原則，為計算方便，建議選擇可量化的指標(biāo)。④可比較原則，為保證不同評價區(qū)域的評價結(jié)果具有可比較性，指標(biāo)的概念和計算方法應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)化。⑤易操作原則，指標(biāo)體系應(yīng)考慮數(shù)據(jù)源的可獲得性。

目前，我國區(qū)域水資源的特點(diǎn)主要有以下三點(diǎn)：（1）是雖然我國水資源總量豐富，但是人均占有量較少，（2）一點(diǎn)是水資源分布不均勻，后一點(diǎn)是降水量分布不均，由于以上的幾種特點(diǎn)以及問題，我國區(qū)域水資源面臨著一系列的問題，比如說防洪標(biāo)準(zhǔn)較低，洪澇災(zāi)害頻繁發(fā)生。同時由于水資源分布不均勻，干旱和缺水的問題也越來越嚴(yán)重，水體污染與水生態(tài)環(huán)境的惡化也越來越嚴(yán)重。從我國目前的區(qū)域水資源和可持續(xù)發(fā)展之間的關(guān)系來看，水資源和社會的可持續(xù)發(fā)展有著緊密的聯(lián)系。一方面由于區(qū)域水資源是人們賴以生存的生活基礎(chǔ)，如果水資源匱乏，那么在一定程度上會嚴(yán)重威脅人類的生存。其次，水是生態(tài)系統(tǒng)當(dāng)中的重要組成部分，并且和生態(tài)環(huán)境的發(fā)展密切相關(guān)。如果水資源嚴(yán)重匱乏，那么在生態(tài)系統(tǒng)當(dāng)中，其他的循環(huán)物質(zhì)不可以得到有力的循環(huán)。后，隨著我國社會經(jīng)濟(jì)的不斷發(fā)展，無論是我國的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，還是工業(yè)生產(chǎn)，都離不開水的利用，由此可以看出，水資源不管是對城市，農(nóng)村和地區(qū)的發(fā)展都有著重要的影響。