發(fā)酵飼料的原料很多，按來(lái)源可分為：餅粕類，糧食加工廠的副產(chǎn)品類，微生物發(fā)酵加工廠的下腳料類，菌菇生產(chǎn)的基料，果蔬加工廠的下腳料類，植物的根、莖、葉類，畜禽屠宰場(chǎng)的下腳料類，水產(chǎn)品加工廠的下腳料類，薯渣類等。隨著發(fā)酵飼料技術(shù)的日漸成熟及工藝設(shè)備的不斷完善，更多的自然界產(chǎn)生的有機(jī)物及更多的加工副產(chǎn)物將成為發(fā)酵飼料的原料，利用率得到進(jìn)一步的提高。

由于各種微生物飼料的組合以及飼喂方法的不同，要針對(duì)不同的動(dòng)物選用不同種類的微生物發(fā)酵飼料，養(yǎng)殖企業(yè)在選擇微生物發(fā)酵飼料時(shí)應(yīng)充分考慮動(dòng)物種類，生理階段，飼養(yǎng)條件和使用目的等因素，來(lái)確保每類產(chǎn)品都有明確的使用對(duì)象。

菌的搭配尤為關(guān)鍵，不同的動(dòng)物腸道必須要搭配不同的才能更有效的讓益生菌在動(dòng)物體內(nèi)發(fā)揮更有效的作用。

動(dòng)物腸道有益微生物的功能①維持腸道微生態(tài)平衡：腸道內(nèi)有益微生物在定性、 定量和定位等方面保持平衡狀態(tài)， 從而維持腸道微生態(tài)平衡。有益微生物一旦平衡失調(diào)，將導(dǎo)致動(dòng)物體生產(chǎn)性能下降和發(fā)病。②生物奪氧：需氧微生物，消耗腸道內(nèi)的氧氣，形成厭氧環(huán)境，抑制有害需氧菌和兼性的增殖，防止發(fā)病。③生物頡頏作用：有益微生物與病原微生物競(jìng)爭(zhēng)腸黏膜上皮細(xì)胞粘附位點(diǎn)，形成產(chǎn)生頡頏作用。④增強(qiáng)機(jī)體功能：刺激、激發(fā)機(jī)體體液和細(xì)胞，增強(qiáng)機(jī)體的和抗病力。⑤產(chǎn)生營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)：有益微生物產(chǎn)生消化酶和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，參與機(jī)體新陳代謝。