由于生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥在商品形態(tài)上區(qū)別不大，加之一些廠(chǎng)家的夸大宣傳，給廣大農(nóng)民和一些經(jīng)銷(xiāo)商造成概念上的混淆。其實(shí)，生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥是有本質(zhì)區(qū)別的。

　　一、考量指標(biāo)不同。生物有機(jī)肥以有效活菌數(shù)和有機(jī)質(zhì)為考量指標(biāo)，而精制有機(jī)肥只考量有機(jī)質(zhì)。簡(jiǎn)單說(shuō)，生物有機(jī)肥含菌，精制有機(jī)肥不含菌。

　　第二、管理權(quán)限不同。生物有機(jī)肥的管理、發(fā)證機(jī)關(guān)為國(guó)家部，只有獲得農(nóng)部微生物肥料登記證的生物有機(jī)肥才允許生產(chǎn)、銷(xiāo)售和使用；精制有機(jī)肥的管理、發(fā)證機(jī)關(guān)為省級(jí)農(nóng)業(yè)主管部門(mén)。這是區(qū)別生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥很直接的方法。

　　第三、生產(chǎn)工藝不同。生物有機(jī)肥是在發(fā)酵腐熟的有機(jī)肥中加入有益菌制成的，生產(chǎn)工藝的核心是均種的發(fā)酵培養(yǎng)，培養(yǎng)結(jié)果要使產(chǎn)品中的有效活菌數(shù)達(dá)到農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的要求，即每克2000萬(wàn)個(gè)以上，否則就是不合格產(chǎn)品。而精制有機(jī)肥的生產(chǎn)工藝僅僅是有機(jī)肥的腐熟。常用的自然肥料品種有綠肥、人糞尿、廄肥、堆肥、漚肥、沼氣肥和廢棄物肥料等。

生物肥料的特點(diǎn)：微生物肥料是一類(lèi)活菌制品，它的效能無(wú)不與其菌類(lèi)活性及使用方法有直接的關(guān)系。（1）微生物肥料的核心是指品種特定的有效的活微生物，任何一款產(chǎn)品的有效活菌數(shù)都有明確的規(guī)定，有效活菌數(shù)降到一定數(shù)量時(shí)，它的作用也就沒(méi)有了。（2）微生物肥料是一類(lèi)農(nóng)用活菌制劑，從生產(chǎn)到使用都要注意給產(chǎn)品中微生物一個(gè)生存的合適環(huán)境，主要是水分含量、酸堿度、溫度、載體中殘?zhí)呛俊b材料等等。（3）微生物肥料作為活菌制劑有一個(gè)有效期問(wèn)題。此類(lèi)產(chǎn)品剛生產(chǎn)出來(lái)時(shí)活菌含量較高，但隨著保存時(shí)間和不同的運(yùn)輸、保存條件的變化，產(chǎn)品中的有效微生物數(shù)量逐漸減少，當(dāng)減到一定數(shù)量時(shí)其有效作用顯示不出來(lái)。因此，規(guī)定產(chǎn)品的有效期和正確使用意義重大。（4）意適用作物和適用地區(qū)，是保證微生物肥料有效作用的重要保證。從2008年6月1日開(kāi)始，根據(jù)總局的文件要求，生物有機(jī)肥產(chǎn)品完全免稅。提倡有針對(duì)性地選育生產(chǎn)均種，例如針對(duì)堿性土壤、酸性土壤的均種，或是針對(duì)某特定作物的均種。

中國(guó)每年各種有機(jī)肥料總生產(chǎn)量達(dá)18～24億噸，其中氮磷鉀養(yǎng)分含量就有1678萬(wàn)噸。這些數(shù)字只是粗略的估算。隨著人口的增加，農(nóng)業(yè)、畜牧業(yè)生產(chǎn)的發(fā)展，人民生活水平的提高，有機(jī)肥料的數(shù)量和質(zhì)量都有很大的變化。據(jù)1998中國(guó)農(nóng)業(yè)年鑒統(tǒng)計(jì)中國(guó)人口為12.058億，是1989的1.062倍，增加1.023億人；糧食產(chǎn)量為4.942億噸，是1989的1.12倍，增加7975萬(wàn)噸，豬、牛、羊出欄數(shù)為63722.1萬(wàn)頭，是1989年的1.673倍，增加2.5633億頭。禽蛋產(chǎn)量2125.4萬(wàn)噸是1989年的2.95倍，增加1405.6萬(wàn)噸。人口、畜禽數(shù)量和糧食產(chǎn)量的增加，必然增加人、畜、禽糞便和作物秸稈的數(shù)量。因此中國(guó)各種有機(jī)肥料年總生產(chǎn)量可能要遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)18～24億噸，其中氮磷鉀養(yǎng)分含量也要超過(guò)1678萬(wàn)噸。據(jù)國(guó)家的預(yù)測(cè)20世紀(jì)末，中國(guó)有機(jī)肥中氮磷鉀養(yǎng)分總量達(dá)1971～2087±91.7萬(wàn)噸。人口、畜禽數(shù)量和糧食產(chǎn)量的增加，必然增加人、畜、禽糞便和作物秸稈的數(shù)量。總之中國(guó)的有機(jī)肥料是一項(xiàng)數(shù)量巨大的資源，而且是每年持續(xù)不斷地生產(chǎn)出來(lái)的，利用好了將成為發(fā)展農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的物質(zhì)保證。

堆肥腐熟良好的條件：①水分。保持適當(dāng)?shù)暮浚谴龠M(jìn)微生物活動(dòng)和堆肥發(fā)酵的首要條件。一般以堆肥材料量大持水量的60%～75%為宜。②通氣。保持堆中有適當(dāng)?shù)目諝猓欣脷馕⑸锏姆敝澈突顒?dòng)，促進(jìn)有機(jī)物分解。高溫堆肥時(shí)更應(yīng)注意堆積松緊適度，以利通氣。③保持中性或微堿性環(huán)境。可適量加入石灰或石灰性土壤，中和調(diào)節(jié)酸度，促進(jìn)微生物繁殖和活動(dòng)。④碳氮比。微生物對(duì)有機(jī)質(zhì)正常分解作用的碳氮比為25∶1。此類(lèi)產(chǎn)品要通過(guò)有機(jī)認(rèn)證，并嚴(yán)格按照有機(jī)標(biāo)準(zhǔn)生產(chǎn)才可用于有機(jī)農(nóng)業(yè)。而豆科綠肥碳氮比為15～25∶1、雜草為25～45∶1、禾本科作物莖稈為60～100∶1。因此根據(jù)堆肥材料的種類(lèi)，加入適量的含氮較高的物質(zhì)，以降低碳氮比值，促進(jìn)微生物活動(dòng)。