分子實(shí)驗(yàn)介紹——熒光定量PCR檢測(cè)

熒光定量PCR是檢測(cè)生物樣品中RNA含量的普遍的方法，通過熒光染料或熒光標(biāo)記的特異性的探針，對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記跟蹤，實(shí)時(shí)在線監(jiān)控反應(yīng)過程，結(jié)合相應(yīng)的軟件可以對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行分析，計(jì)算待測(cè)樣品模板的初始濃度。目前主要使用Sybr green和taqman法對(duì)RNA含量進(jìn)行檢測(cè)。Sybr green在低樣本量時(shí)成本較低，目前選用的較多。證實(shí)試驗(yàn):將產(chǎn)氣管培養(yǎng)物接種煌綠乳糖膽鹽(BGLB)肉湯管中，36士1°C培養(yǎng)48士2h，觀察是否產(chǎn)氣。

SYBR Green I是一種只與DNA雙鏈結(jié)合的熒光染料。當(dāng)它與DNA雙鏈結(jié)合時(shí)，發(fā)出熒光；從DNA雙鏈上釋放出來時(shí)，熒光信號(hào)急劇減弱。因此，在一個(gè)體系內(nèi)，其信號(hào)強(qiáng)度代表了雙鏈DNA分子的數(shù)量。SYBR Green熒光染料法定量PCR的基本過程是：1、開始反應(yīng)，當(dāng)SYBR Green染料與DNA雙鏈結(jié)合時(shí)發(fā)出熒光。2、DNA變性時(shí)，SYBR Green染料釋放出來，熒光急劇減少。3、在聚合延伸過程中，引物退火并形成PCR產(chǎn)物。4、聚合完成后，SYBR Green染料與雙鏈產(chǎn)物結(jié)合，定量PCR系統(tǒng)檢測(cè)到熒光的凈增量加大。置于玻璃勻漿器中，加入1ml的細(xì)胞裂解緩沖液勻漿至不見組織塊，轉(zhuǎn)入1。

實(shí)驗(yàn)流程：細(xì)胞或組織RNA提取-RNA濃度檢測(cè)-RNA逆轉(zhuǎn)錄-定量PCR檢測(cè)。

結(jié)果示例：

圖 A 基因擴(kuò)增曲線圖；B 基因擴(kuò)增溶解曲線圖；C mRNA相對(duì)表達(dá)量變化

從圖中可以擴(kuò)增曲線可以看出目的RNA擴(kuò)增效果，溶解曲線可以看出引物識(shí)別特異性情況，通過使用ΔΔCt方法計(jì)算可以得到每個(gè)組中目的mRNA表達(dá)變化。

動(dòng)物組織細(xì)胞基因組DNA提取

操作步驟

1. 取新鮮或冰凍動(dòng)物組織塊0.1g（0.5cm3），盡量剪碎。置于玻璃勻漿器中，加入1ml的細(xì)胞裂解緩沖液勻漿至不見組織塊，轉(zhuǎn)入1.5ml 離心管中，加入蛋白酶K

（500ug/ml）20μl，混勻。在65℃恒溫水浴鍋中水浴30min，也可轉(zhuǎn)入37℃水浴12～24h，間歇振蕩離心管數(shù)次。于臺(tái)式離心機(jī)以12000 rpm離心5min，取上清液入另

一離心管中。

2.加2倍體積異，倒轉(zhuǎn)混勻后，可以看見絲狀物，用100ul 吸頭挑出，涼干，用200ul TE 重新溶解。（可進(jìn)行PCR反應(yīng)等，需要進(jìn)一步純化的按下列步驟進(jìn)行）

3.加等量的酚??振蕩混勻，離心12000 rpm，5min。

4.取上層溶液至另一管，加入等體積的?，振蕩混勻，離心12000 rpm，5min。

5. 取上層溶液至另一管，加入1/2體積的7.5mol/L氨加入2倍體積的無水乙醇，混勻后室溫沉淀2min ，離心12000 rpm ,10min。

6.小心倒掉上清液，將離心管倒置于吸水紙上，將附于管壁的殘余液滴除掉。

7.用1ml 70%乙醇洗滌沉淀物1次，離心12000 rpm ， 5min。

8.小心倒掉上清液，將離心管倒置于吸水紙上，將附于管壁的殘余液滴除掉，室溫干燥。

9.加200ul TE重新溶解沉淀物，然后置于4℃或?C20℃保存?zhèn)溆谩?

10.吸取適量樣品于GeneQuant上檢測(cè)濃度和純度。

甲l基化特異性的PCR

Herman 等（ 1996 ）在使用重亞硫酸鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法。該方法敏感性高，主要用于作定性研究。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發(fā)生jia基化的胞嘧定被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding，而jia基化的胞嘧定不變；不同個(gè)體之間在一個(gè)同源STR位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)也不同，因而同指紋識(shí)別一樣，STR位點(diǎn)分析也可對(duì)個(gè)體進(jìn)行身份識(shí)別。隨后設(shè)計(jì)針對(duì)jia基化和非jia基化序列的引物進(jìn)行PCR。通過電泳檢測(cè)MSP擴(kuò)增產(chǎn)物，如果用針對(duì)處理后jia基化DNA鏈的引物能得到擴(kuò)增片段，則說明該位點(diǎn)存在jia基化；反之，說明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在jia基化。

特點(diǎn)：適用范圍廣，能夠檢測(cè)特異位點(diǎn)是否發(fā)生jia基化。

亞硫酸氫鹽測(cè)序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）

亞硫酸氫鹽修飾后測(cè)序法（ BSP ） Frommer 等（ 1992 ）提出的研究 DNA jia基化方法，此方法可靠性及jing確度高，能明確目的片段中每一個(gè) CpG 位點(diǎn)的jia基化狀態(tài)。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發(fā)生jia基化的胞嘧ding被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding，而jia基化的胞嘧ding不變。隨后設(shè)計(jì)BSP引物進(jìn)行PCR，在擴(kuò)增過程中尿嘧定全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧定，zui后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序就可以判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生jia基化，稱為BSP-直接測(cè)序法。將PCR產(chǎn)物克long至載體后進(jìn)行測(cè)序，可以提高測(cè)序成功率，這種方法稱為BSP-ke隆測(cè)序法。腺相關(guān)病毒的滴度在10^12~10^13GC/ml,可以滿足各類整體實(shí)驗(yàn)的使用要求。

特點(diǎn)：jing確度高，能夠準(zhǔn)確檢測(cè)出jia基化的程度百分比。

STR檢測(cè)

短串聯(lián)重復(fù)(Short tandem repeats, STR)，又稱微wei星DNA(Microsatellite DNA)或簡單重復(fù)序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR)，是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復(fù)序列。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯(cuò)配引起的fu制滑動(dòng)被認(rèn)為是導(dǎo)致STR產(chǎn)生的較為常見原因，并且依據(jù)不同fu制單元大小的不同以及不同物種之間，fu制滑動(dòng)發(fā)生的概率也不相同。近年來，分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)的方法學(xué)研究取得了進(jìn)展，先后建立了各種分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)。

STR是以核心序列 (core repeat units) 首尾相連多次重復(fù)形成。每個(gè)STR的核心序列結(jié)構(gòu)相同，長度為2-6bp，但其重復(fù)單位數(shù)目和重復(fù)區(qū)域的長度不同，因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性，構(gòu)成了STR遺傳多態(tài)性。不同個(gè)體之間在一個(gè)同源STR位點(diǎn)的重復(fù)次數(shù)也不同，因而同指紋識(shí)別一樣，STR位點(diǎn)分析也可對(duì)個(gè)體進(jìn)行身份識(shí)別。通過識(shí)別個(gè)體基因組在特定位點(diǎn)的特定序列重復(fù)，即可創(chuàng)建其基因檔案。將PCR產(chǎn)物克long至載體后進(jìn)行測(cè)序，可以提高測(cè)序成功率，這種方法稱為BSP-ke隆測(cè)序法?；诖耍琒TR分析法已經(jīng)成為一種重要的鑒定分析方法，應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)、qin子鑒定及細(xì)胞鑒定等領(lǐng)域。