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除膠原蛋白外，動物骨中還含有油脂、多種礦物質(zhì)和其他雜質(zhì)，因此在被用于提取膠原蛋白之前必須進行預處理。先剔除動物骨上殘留的肉質(zhì)和肌腱等雜物，粉碎后用或正己烷萃取出骨油。除去骨中無機物以提高膠原蛋白的得率。

除去骨中的礦物質(zhì)可用稀酸或EDTA溶液。有人用原料用5倍質(zhì)量的1.0moL/LHCL脫鈣處理2d，用正脫脂后再用胃蛋白酶酶解，在加酶量150U/g，pH值1.7，37℃條件下處理120min，然后在固液比1∶6的情況下抽提5h，在此條件下，提取率可達18%；還有人用EDTA溶液（pH7.4）浸泡骨料5d，可有效脫去骨料中的羥基磷灰石。

檸檬酸鹽等。在中性條件下，當鹽的濃度達到一定量時，膠原就會溶解在其中，但是膠原的溶解和分級受中性鹽效應影響，有的鹽可提高膠原的穩(wěn)定性，而有的則可降低其構(gòu)象穩(wěn)定性，從而對提取天然膠原蛋白很不利。此外，可采用不同濃度的氯化鈉對提取的膠原蛋白進行鹽析處理，可以沉淀出不同類型的膠原蛋白。