微生物菌是生物有機肥料產品的核心，在生產過程中，一般有兩個環(huán)節(jié)涉及到微生物的使用：

一是在腐熟過程中加入促進物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌劑，其多由復合菌系組成，常見菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細菌、乳酸菌、假單胞菌、放線等為主，在產品中發(fā)揮特定的肥料效應。因此，對生物有機肥生產來說，微生物菌的篩選、使用是一項核心技術，只有掌握了這一項關鍵技術，才能加快物料的分解、腐熟，以及保證產品的應用效果。

土壤是一個國家很重要的自然資源。沈其榮認為土壤基礎地力是實現作物產量潛力的關鍵因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增產效果而言，1975 年為25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年為8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥報酬的急劇下降表明，隨著化肥的長期使用，土壤的基礎地力正在逐漸減弱， 而土壤基礎地力的減弱已成為影響中國農業(yè)可持續(xù)發(fā)展和農作物高產、穩(wěn)產的重要限制因素。

 傳統(tǒng)的化肥相比，生物有機肥很好的處理了土壤問題，可以改進土壤和進步作物質量。生物有機肥含有豐厚的有機質和各種營養(yǎng)物質，不只為植物生長提供營養(yǎng)，其豐厚的微生物，還可促進土壌團粒構造構成，改進主壤物理性狀，進步主壤保肥保水才能，是處理土壤問題的不二之選。微生物在生物有機肥中發(fā)揮宏大作用，那么，生物有機肥中的作為生物到底是些什么生物呢？