原位雜交是指將特定標記的已知順序核酸為探針與細胞或組織切片中核酸進行雜交，從而對特定核酸順序進行精3確定量定位的過程。原位雜交可以在細胞標本或組織標本上進行。

原位雜交技術(In situ hybridization，ISH)是分子生物學、組織化學及細胞學相結合而產生的一門新興技術，始于20世紀60年代。

原位PCR；原位雜交細胞定位和PCR的高靈敏度相結合的技術，在細胞（爬片、甩片或涂片）或組織（石蠟、冰凍切片）上直接對靶基因片段進行擴增，通過摻入標記基團直接顯色或結合原位雜交進行檢測的方法。

就DNA探針和RNA探針的比較，DNA探針在雜交過程中會出現探針雙鏈之間退火的可能，也更傾向于在溶液中形成大分子的探針聚合體，從而影響其滲透能力。而RNA 探針的應用，將提高DNA-RNA雜交子的熱穩(wěn)定性。

Tips：RNA探針因其單鏈、高分子結合力、可適應高溫雜交的特性，其檢測特異性和靈敏度均優(yōu)于DNA探針。常用的RNA探針標記方法為構建質粒后進行轉率合成。通過PCR擴增的方法，可以更方便地進行RNA探針的制備；RNA探針合成后，還需驗證其對目標片段檢測的靈敏度和特異性。

雜交液中的陽離子濃度通過靜電排斥作用影響了雜交體之間的鏈穩(wěn)定性，較高的鹽濃度將增加雜交體的穩(wěn)定性。大于0.4M的Na離子濃度，對Tm值、雙鏈復性速率的影響不大，但隨著Na離子濃度的降低，將顯著影響Tm值和雙鏈復性速率。

有2機溶2劑（甲酰胺）的作用是降低DNA-DNA和DNA-RNA等雙鏈體的解鏈溫度。通常DNA需要在0.1~0.2M Na 90~100℃的條件下變性，那么應用于原位雜交，樣品必須在65~75℃的條件下進行長時間變性，這將導致樣品形態(tài)學的破壞。50%甲酰胺的應用能將雜交溫度降至30~45℃。

硫酸葡聚糖具有很強的水合性，高濃度的硫酸葡聚糖會使得核酸分子無法獲得周邊親水環(huán)境，增加了探針濃度，加快雜交反應速率。

總的來說，隨探針濃度增加，雜交率也增加。另外，在較窄的范圍內，隨探針濃度增加，敏感性增加。依我們的經驗，要獲得較滿意的敏感性，膜雜交中32P標記探針與非放0射性標記探針的用量分別為5～10 ng/ml和25～1000ng/ml，而原位雜交中，無論應用何種標記探針，其用量均為0.5～5.0μg/ml。探針的任何內在物理特性均不影響其使用濃度，但受不同類型標記物的固相支持物的非特異結合特性的影響。