生物肥料（微生物肥料）的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、線菌肥料（如抗生菌肥料）、菌類肥料（如菌根菌）；加工有機(jī)-無機(jī)復(fù)混肥的原料有機(jī)物料經(jīng)過無害化、穩(wěn)定化處理的有機(jī)物料，經(jīng)過風(fēng)干或烘干后，再粉碎和篩分，作為加工有機(jī)-無機(jī)復(fù)混肥的原料。按其作用機(jī)理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或聯(lián)合共生類）、解磷菌類肥料、硅酸鹽菌類肥料；按其制品內(nèi)含分為單一的微生物肥料和復(fù)合（或復(fù)混）微生物肥料。復(fù)合微生物肥料又有菌、菌復(fù)合，也有菌和各種添加劑復(fù)合的。

優(yōu)缺點(diǎn)編輯中國農(nóng)民有使用有機(jī)肥的傳統(tǒng)，十分重視有機(jī)肥的使用。美國、西歐、日本等發(fā)達(dá)國家，正在興起”生態(tài)農(nóng)業(yè)””有機(jī)農(nóng)業(yè)”，十分重視使用有機(jī)肥料，并把有機(jī)肥料規(guī)定為生產(chǎn)食品的主要肥源。施用有機(jī)肥料重要的一點(diǎn)就是增加了土壤的有機(jī)物質(zhì)。因此，這些化肥應(yīng)存放在干燥、陰涼處，尤其碳酸氫銨貯存時包裝要密封牢固，避免與空氣接觸。有機(jī)質(zhì)的含量雖然只占耕層土壤總量的百分之零點(diǎn)幾至百分之幾，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物質(zhì)基礎(chǔ)。有機(jī)肥料對土壤的結(jié)構(gòu)、土壤中的養(yǎng)分、能量、酶、水分、通氣和微生物活性等有十分重要的影響。

有機(jī)肥料含有植物需要的大量營養(yǎng)成分，對植物的養(yǎng)分供給比較平緩持久，有很長的后效。有機(jī)肥料還含有多種微量元素。由于有機(jī)肥料中各種營養(yǎng)元素比較完全，而且這些物質(zhì)完全是沒有毒、無害、無污染的自然物質(zhì)，這就為生產(chǎn)高產(chǎn)、好的、無污染的食品提供了必須條件。瓜果蔬菜、柑橘、臍橙、草莓、龍眼、菠蘿、柚樹、香蕉、枇杷、獼猴桃、荔枝、蘋果、梨、葡萄等。有機(jī)肥料含有多種糖類，施用有機(jī)肥增加了土壤中各種糖類。有了糖類，有了有機(jī)物在降解中釋放的大量能量，土壤微生物的生長、發(fā)育、繁殖活動就有了能源。