近年來，棉花殼主要用于培養(yǎng)食用菌，它是理想的天然綜合培養(yǎng)基，經(jīng)加水浸泡、高壓滅菌、接種培養(yǎng)，100公斤棉花殼可生產(chǎn)鮮猴頭、鮮平菇100公斤，或鮮木耳70公斤～80公斤，或鮮草菇30公斤～45公斤，或干靈芝10公斤～15公斤，或干銀耳3公斤～4公斤。每公斤棉花殼生產(chǎn)食用菌的產(chǎn)值最高的可達(dá)5元以上。
生產(chǎn)食用菌后的棉花殼殘?jiān)写罅烤z體，是優(yōu)良的飼料和肥料，也可作沼氣池的填料。