發(fā)酵飼料的原料很多，按來源可分為：餅粕類，糧食加工廠的副產(chǎn)品類，微生物發(fā)酵加工廠的下腳料類，菌菇生產(chǎn)的基料，果蔬加工廠的下腳料類，植物的根、莖、葉類，畜禽屠宰場的下腳料類，水產(chǎn)品加工廠的下腳料類，薯渣類等。隨著發(fā)酵飼料技術(shù)的日漸成熟及工藝設(shè)備的不斷完善，更多的自然界產(chǎn)生的有機物及更多的加工副產(chǎn)物將成為發(fā)酵飼料的原料，利用率得到進一步的提高。

由于各種微生物飼料的組合以及飼喂方法的不同，要針對不同的動物選用不同種類的微生物發(fā)酵飼料，養(yǎng)殖企業(yè)在選擇微生物發(fā)酵飼料時應(yīng)充分考慮動物種類，生理階段，飼養(yǎng)條件和使用目的等因素，來確保每類產(chǎn)品都有明確的使用對象。

菌的搭配尤為關(guān)鍵，不同的動物腸道必須要搭配不同的才能更有效的讓益生菌在動物體內(nèi)發(fā)揮更有效的作用。

動物腸道有益微生物的功能①維持腸道微生態(tài)平衡：腸道內(nèi)有益微生物在定性、 定量和定位等方面保持平衡狀態(tài)， 從而維持腸道微生態(tài)平衡。有益微生物一旦平衡失調(diào)，將導(dǎo)致動物體生產(chǎn)性能下降和發(fā)病。②生物奪氧：需氧微生物，消耗腸道內(nèi)的氧氣，形成厭氧環(huán)境，抑制有害需氧菌和兼性的增殖，防止發(fā)病。③生物頡頏作用：有益微生物與病原微生物競爭腸黏膜上皮細(xì)胞粘附位點，形成產(chǎn)生頡頏作用。④增強機體功能：刺激、激發(fā)機體體液和細(xì)胞，增強機體的和抗病力。⑤產(chǎn)生營養(yǎng)物質(zhì)：有益微生物產(chǎn)生消化酶和營養(yǎng)物質(zhì)，參與機體新陳代謝。